Tidigare uppgav militären att fyra personer dödats.
Minst en soldat och en civilperson skadades i samband med skottlossningen, som inträffade vid en militärbas på torsdagen. Ute på gatorna drabbade polisen samman med demonstranter, som besköts med tårgasgranater.
Den sittande presidenten Azali Assoumani valdes om med cirka 61 procent av rösterna, enligt landets valkommission. Men hans tolv motståndare i valet, med den gripne före detta översten Mohamad Soilihi i spetsen, har instiftat vad de kallar Nationella övergångsrådet i syfte att avsätta presidenten.
Enligt myndigheterna ligger en före detta militär bakom angreppet mot militärbasen. Mannen, som tidigare fängslats misstänkt för att ha planerat en statskupp, flydde tillsammans med flera andra före detta militärer på torsdagsmorgonen.
USA har uppmanat all sin personal som verkar i landet att resa hem med anledning av oron. Men Komorernas inrikesminister Mohamad "Kiki" Daoudou hävdar att regeringen har situationen under kontroll.
Komorerna ligger nordväst om Madagaskar.